O evangelho de São João mostra como, no dia seguinte ao sábado, Maria Madalena se dirige ao sepulcro de Jesus e, ao ver movida a pedra que o fechava, foi correndo comunicar o fato a Simão Pedro e ao discípulo que Jesus amava. Ao receber a notícia, ambos correm ao sepulcro, onde mais tarde Maria regressa e tem um encontro com Jesus ressuscitado (Jo 20, 1-18). Isto é tudo o que os evangelhos nos dizem sobre a relação de Pedro com Maria Madalena. Desde o ponto de vista histórico, não se pode acrescentar nada mais.
O Evangelho de Pedro, um evangelho apócrifo talvez do século II, que relata as últimas cenas da paixão, a ressurreição e as aparições de Jesus ressuscitado se refere a ela como “discípula do Senhor".
Na literatura marginal que se origina nos círculos gnósticos, se encontram-se alguns escritos onde em que ocorrem confrontações entre Pedro e Maria. Como premissa, convém recordar que são textos que não possuem caráter histórico e que aludem a diálogos fictícios entre diversos personagens como meio de transmissão de doutrinas gnósticas.
O Evangelho de Maria é um destes textos onde nos quais se relata a incompreensão por parte de Pedro da revelação secreta que Maria recebeu (ver a pergunta “O que diz o Evangelho de Maria Madalena?"). Outro escrito, possivelmente mais antigo, é o Evangelho de Tomás. Neste, é narrado ao final que Simão Pedro disse: “Que se afaste Mariham de nós!, pois as mulheres não são dignas da vida". Em resposta, Jesus disse:"Olhe, eu me encarregarei de fazê-la varão, de modo que também ela se converta em um espírito vivente, idêntico a vocês, homens: porque toda mulher que se faça varão, entrará no reino do céu.".
Também em Pistis Sophia, Pedro se impacienta e protesta porque Maria compreende melhor do que os demais os mistérios no sentido gnóstico e é parabenizada por Jesus: “Senhor, não permitas a esta mulher falar sempre, porque ocupa o nosso lugar e não nos deixa falar nunca" (54b). (Nesse trecho, contudo, a presença de Marta pode sugerir que a Maria que aparece não é a Madalena, mas sim a irmã de Marta e Lázaro, ainda que bem podiam ser embora também pudessem estar identificadas as duas Marias).
Nestes textos se observam traços herdados da mentalidade rabínica, segundo a qual as mulheres eram incapazes de compreender a doutrina religiosa (cf. Jo 4, 27) e elementos próprios da antropologia gnóstica, onde o feminino ocupa um lugar destacado como veículo de comunicação de revelações esotéricas.
As relações entre Pedro e Maria Madalena devem ter sido semelhantes às que existiram entre Pedro e João, Pedro e Paulo, Pedro e Salomé, etc. Significa que foram as próprias daquele que estava àa frente da Igreja com os outros que haviam sido discípulos do Senhor e que, depois da sua ressurreição, davam testemunho do ressuscitado e proclamavam o Evengelho. Outras relações são fantasia.